Впервые фестиваль «Рок чистой воды» был проведен в 1990 году. Формат фестиваля отличался от нынешнего: команда музыкантов двигалась по Волге на теплоходе, давая концерты в городах по маршруту движения. Экологи тем временем исследовали состояние воды в Волге, брали пробы и публиковали исследования.
Фестиваль стартовал из Горького (с 1932 по 1990 год Нижний Новгород носил имя великого писателя) и включал такие города как Казань, Тольятти, Саратов, Астрахань, Волгоград, Куйбышев, Ульяновск, Чебоксары, Ярославль, Москва. В нем приняли участие группы «ЧайФ», «Телевизор», «Петля Нестерова», «АукцЫон», нижегородский коллектив «Хроноп», Настя Полева, Александр Скляр, Гарик Сукачёв и другие музыканты.
В том же 1990 году была проведена вторая подобная акция, посвященная проблеме загрязнения озера Байкал. В 1991 году «Рок чистой воды» проходил в Чернобыльской зоне. Финальный концерт состоялся в Минске.
В 2016 году фестиваль был возрожден. «Рок чистой воды» проводился в стационарном формате, как полноценный масштабный open-air. Концерт прошел с огромным успехом в самом сердце Нижнего Новгорода — на площади Минина. Хедлайнерами фестиваля были группы «Телевизор», «Аукцыон» и «Чайф».
В 2019 году «Рок чистой воды» состоялся на новой площадке — большой сцене на Нижневолжской набережной возле Речного вокзала. Одним из наиболее ярких выступлений феста стал перформанс группы «Shortparis».
В 2022 году главными артистами фестиваля стали легенды русского рока — группы «Воскресенье» и «Серьга».
Среди зарубежных звезд, выступивших на сцене фестиваля в разные годы, отметились такие музыканты и коллективы как Ernst Langhout (Нидерланды), Breathe Atlantis (Германия), Трубецкой (Беларусь), Cement (Латвия), The Bambir (Армения).