Часовня построена в 2000 году на средства православной общины Нижегородского государственного технического университета к 2000-летию христианства.
Свое название часовня получила в честь Федора Ушакова – русского адмирала, флотоводца, причисленного православной церковью к лику святых в 2001 году. В 2003 году часовня освящена во имя святого Федора Ушакова.