Около старинного храма находилось Никольское кладбище, датированное 15 веком – началом 16 века, на котором размещались захоронения жителей города. По преданию, здесь также были погребены останки ратников, защищавших Москву в 1612 году. В стенах новой часовни предполагалось перезахоронение найденных останков в рамках проведенных археологических раскопок.
Церковь-часовня Николая Чудотворца возведена с учетом традиционных для такого объекта технологий. Купол украшает крест якореобразной формы. Внутреннее убранство, фрески в византийском стиле, росписи храма посвящены сценам из жития Святого Николая.