Считается, что монастырь основан в 1221 году князем Георгием Всеволодовичем и святителем Симоном, епископом Владимирским, во время начала строительства Нижнего Новгорода.
Расположение монастыря имело важную военную и защитную функцию, позволяло предупредить об опасности, и давало возможность местному населению своевременно спастись от приближающихся захватчиков. Также, в монастыре велась миссионерская деятельность, он был центром распространения православия среди народов, населяющих окрестные районы.
Благовещенский собор с четырёхъярусным иконостасом и фресковой росписью, на территории монастыря, возведен в 1649 году. Позднее построены Успенская и Алексеевская церкви.
В монастыре был найдена православная реликвия: рукописный кондакарь XII—XIII веков, получивший название Благовещенский (Нижегородский), который признан одним из древнейших памятников русской гимнографии.
После Октябрьского переворота в 1919 году монастырь закрывают на неопределенный срок. В это время здезь размещались различные гражданские организации, школа имени М. Ю. Лермонтова, квартиры рабочих. С 1948 по 2005 год, Алексеевскую церковь монастыря занимал Нижегородский планетарий.
Возрождение христианского комплекса началось в 1993 году. В монастыре открылось духовное училище, которое через два года преобразовали в семинарию. 23 августа 2013 года, на территории монастыря торжественно открыт бронзовый памятник императору Александру III. Автором скульптуры выступил А. А. Аполлонов.
Благовещенский мужской монастырь является памятником истории и архитектуры, важным объектом культурного наследия наров РФ.